В 1939 году территория озера начала активно благоустраиваться: была быстро построена асфальтированная дорога, туристическая база, автовокзал. Десятки тысяч алматинцев и гостей города приезжали сюда круглый год для того чтобы отдохнуть на лоне природы. Озеро было настолько популярно, что его фотография даже использовалась для туристических открыток и брошюр СССР.
Однако в 1963 году все изменилось за считанные часы. Из ледниковой зоны в верховьях реки Иссык вырвался мощный селевой поток, чьи огромные волны разрушили естественную плотину и озеро опустошилось за четыре часа.
Селевой поток стал причиной значительных разрушений в городе Иссык, на пути селем были снесены пионерские лагеря, дома отдыха, целые улицы и кварталы, засеянные поля. Селевой поток дошел до Кульджинского тракта. Река Иссык в результате схода селевого потока изменила русло. Некоторое время на месте Иссыка было небольшое озерцо.
К началу 1990-х годов завершилось восстановление прорванной селем плотины и устройство водосливных сооружений. В настоящее время озеро восстановлено, однако его размеры в два раза меньше прежнего.
Озеро окружено скалами, лесами, альпийскими лугами. Здесь растут практически все виды флоры.
Встречаются несколько растений, занесённых в Красную книгу, — ковыль кунгейский, адонис золотой, арча казачья, ель Шренка, эдельвейс и другие. Вода в озёре холодная и чистая. Здесь есть радужная форель — рыба, обитающая только в проточной или родниковой воде. В горах насчитывается более 150 видов птиц и почти 30 видов млекопитающих, среди которых маралы, горные козлы, волки, рыси, медведи и барсы.
