«Алашкерт» - армянский футбольный клуб из города Мартуни, основанный в 1990 году. Первый сезон в большом футболе команда провела в 1992 году в Премьер-лиге, где заняла 24-е место из 24-х команд, участвовавших в первом розыгрыше чемпионата Армении. Следующий сезон команда должна была проводить рангом ниже, но снялась до его начала.
Перед началом чемпионата 1998 года клуб возродился и подал заявку на участие в первой лиге. По итогам первенства «Алашкерт» расположился в середине таблицы, заняв 6-е место. Во втором сезоне команда в очередной раз снимается с розыгрыша 1999 года в первой лиге. Однако клуб продолжает существовать и пытается быть зачисленным в участники Первой лиги сезона 2000, но позже всё же снялся до начала чемпионата, а после расформировался.
В конце 2011 года удачливый бизнесмен и предприниматель Баграт Навоян решил возродить клуб основав его с нуля. К этому решению Навоян пришёл после исключения варианта о покупке другого клуба. Главным тренером был назначен Альберт Саркисян, помощниками которого стали Гагик Симонян и Армен Багумян.
В сезоне 2012-2013 «Алашкерт» стал чемпионом первой лиги, что позволило дебютировать в высшей лиге.
В прошедшем сезоне команда заняла четвертое место и пробилась Лигу Европы.
В первом квалификационном раунде армянский клуб по сумме двух встреч обошел шотландский «Сент-Джонстон” 2:2 (1:0, 1:2).
Первая игра между «Кайратом» и «Алашкертом» состоится 16 июля в Алматы, ответная 23 числа в Ереване.